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云南食品生產許可證代辦流程示意圖：
食品生產經營應當符合食品安全標準，并符合下列要求：
一、許可機關
（一）云南省食品藥品監督管理局
負責核發全省下列食品生產許可證：乳制品、酒類、保健食品、特殊醫學用途配方食品、嬰幼兒配方食品、特殊膳食食品、其他食品共7個食品類別和食品添加劑。
（二）各州（市）食品藥品監督管理局
負責核發本轄區內除省局許可權限外的其余24個食品類別的生產許可證，具體食品類別包括：糧食加工品，食用油、油脂及其制品，調味品，肉制品，飲料，方便食品，餅干，罐頭，冷凍飲品，速凍食品，薯類和膨化食品，糖果制品，茶葉及相關制品，蔬菜制品，水果制品，炒貨食品及堅果制品，蛋制品，可可及焙烤咖啡產品，食糖，水產制品，淀粉及淀粉制品，糕點，豆制品，蜂產品等。
二、許可條件
（一）具有與生產經營的食品品種、數量相適應的食品原料處理和食品加工、包裝、貯存等場所，保持該場所環境整潔，并與有毒、有害場所以及其他污染源保持規定的距離；
（二）具有與生產經營的食品品種、數量相適應的生產經營設備或者設施，有相應的消毒、更衣、盥洗、采光、照明、通風、防腐、防塵、防蠅、防鼠、防蟲、洗滌以及處理廢水、存放垃圾和廢棄物的設備或者設施；
（三）有專職或者兼職的食品安全專業技術人員、食品安全管理人員和保證食品安全的規章制度；
（四）具有合理的設備布局和工藝流程，防止待加工食品與直接入口食品、原料與成品交叉污染，避免食品接觸有毒物、不潔物；
（五）餐具、飲具和盛放直接入口食品的容器，使用前應當洗凈、消毒，炊具、用具用后應當洗凈，保持清潔；
（六）貯存、運輸和裝卸食品的容器、工具和設備應當安全、無害，保持清潔，防止食品污染，并符合保證食品安全所需的溫度、濕度等特殊要求，不得將食品與有毒、有害物品一同貯存、運輸；
（七）直接入口的食品應當使用無毒、清潔的包裝材料、餐具、飲具和容器；
（八）食品生產經營人員應當保持個人衛生，生產經營食品時，應當將手洗凈，穿戴清潔的工作衣、帽等；銷售無包裝的直接入口食品時，應當使用無毒、清潔的容器、售貨工具和設備；
（九）用水應當符合國家規定的生活飲用水衛生標準；
（十）使用的洗滌劑、消毒劑應當對人體安全、無害；
（十一）法律、法規規定的其他要求。法律法規和國家產業政策對生產食品有其他要求的，應當符合該要求。
三、食品分類
以下是納入國家食品質量安全市場準入制度的食品28大類：
1.糧食加工品：小麥粉、大米、掛面、其他糧食加工品(谷物加工品(分裝)、谷物碾磨加工品(分裝)、谷物粉類制成品)
2.食用油、油脂及其制品：食用植物油、食用油脂制品[食用氫化油、人造奶油(人造黃油)、起酥油、代可可脂]、食用動物油脂(豬油、牛油、羊油)
3.調味品：醬油、食醋、味精、雞精調味料、醬類、調味料產品
4.肉制品：肉制品(腌臘肉制品、醬鹵肉制品、熏燒烤肉制品、熏煮香腸火腿制品、發酵肉制品)
5.乳制品：乳制品[液體乳(巴氏殺菌乳、高溫殺菌乳、滅菌乳、酸乳)、乳粉(全脂乳粉、脫脂乳粉、全脂加糖乳粉、調味乳粉、特殊配方乳粉、牛初乳粉)、其他乳制品(煉乳、奶油、干酪、固態成型產品)]、嬰幼兒配方乳粉(濕法工藝、干法工藝)
6.飲料：飲料[瓶(桶)裝飲用水類(飲用天然礦泉水、飲用純凈水、其他飲用水)、碳酸飲料(汽水)類、茶飲料類、果汁及蔬菜汁類、蛋白飲料類、固體飲料類、其他飲料類]
7.方便食品：方便食品(方便面、其他方便食品)
8.餅干：餅干
9.罐頭：罐頭(畜禽水產罐頭、果蔬罐頭、其他罐頭)
10.冷凍飲品：冷凍飲品（冰淇淋、雪糕、雪泥、冰棍、食用冰、甜味冰）
11.速凍食品：速凍食品[速凍面米食品(生制品、熟制品)、速凍其他食品(速凍肉制品、速凍果蔬制品、速凍其他類制品)]
12.薯類和膨化食品：膨化食品、薯類食品
13.糖果制品(含巧克力及制品)：糖果制品（糖果、巧克力及巧克力制品）、果凍
14.茶葉及相關制品；：茶葉(茶葉、邊銷茶)、含茶制品和代用茶
15.酒類：白酒、葡萄酒及果酒、啤酒、黃酒、其他酒
16.蔬菜制品：醬腌菜、蔬菜干制品(自然干制蔬菜、熱風干燥蔬菜、冷凍干燥蔬菜、蔬菜脆片、蔬菜粉及制品)、食用菌制品(干制食用菌、腌漬食用菌)、其他蔬菜制品
17.水果制品：蜜餞、水果制品(水果干制品、果醬)
18.炒貨食品及堅果制品：炒貨食品及堅果制品(烘炒類、油炸類、其他類)
19.蛋制品：蛋制品(再制蛋類、干蛋類、冰蛋類、其他類)
20.可可及焙烤咖啡產品：可可制品、焙炒咖啡
21.食糖：糖(白砂糖、綿白糖、赤砂糖、冰糖、方糖、冰片糖等)
22.水產制品：水產加工品[干制水產品、鹽漬水產品、魚糜制品(即食類、非即食類)]、其他水產加工品(水產調味品、水生動物油脂及制品、風味魚制品、生食水產品、水產深加工品)
23.淀粉及淀粉制品：淀粉及淀粉制品、淀粉糖(葡萄糖、飴糖、麥芽糖、異構化糖等)
24.糕點：糕點(烘烤類糕點、油炸類糕點、蒸煮類糕點、熟粉類糕點、月餅)
25.豆制品：豆制品（發酵性豆制品、非發酵性豆制品）、其他豆制品
26.蜂產品：蜂產品[蜂蜜、蜂王漿(含蜂王漿凍干品)、蜂花粉、蜂產品制品]
27.特殊膳食食品：嬰幼兒及其他配方谷粉(嬰幼兒配方谷粉、其他配方谷粉)
28.其他食品
四、市場準入
食品質量安全市場準入制度，自2004年開始，首先在米、面、油、醬油、醋五類食品中推行。2004年1月1日起，五類食品中凡未取得《食品生產許可證》、并且未加印（貼）QS標志的，不得出廠銷售。2005年下半年，又擴大到肉制品、乳制品、飲料、調味品（糖、味精）、方便面、餅干、罐頭、冷凍飲品、速凍米面食品、膨化食品等10類食品。將對包括余下13類食品在內的所有食品實行食品質量安全市場準入制度。
消費者在選購已經實施食品質量安全市場準入制度的食品時，應當選購已經加印（貼）QS標志的食品。
對于產品的市場準入，一般的理解是，允許市場的主體(產品的生產者與銷售者)和客體(產品)進入市場的程度。食品市場準入制度也稱食品質量安全市場準入制度，是指為保證食品的質量安全，具備規定條件的生產者才允許進行生產經營活動，具備規定條件的食品才允許生產銷售的監管制度。因此，實行食品質量安全市場準入制度是一種政府行為，是一項行政許可制度。
準入制度簡單說就是：國家質檢總局根據食品質量達到安全標準所必須滿足的基本要求，從原材料、生產設備、工藝流程、檢驗設備與能力等10個方面制定了嚴格具體的要求，只有同時通過這“十關”審核的企業才允許生產食品，檢驗合格后才能加貼QS標志進入市場。從源頭上提高了生產企業進入食品行業的準入門檻，一大批無法滿足準入要求的小型企業和小作坊只有選擇關門或者轉產。
對已經獲得生產資格的食品企業，準入制度還明確制定了巡查、年審、強制檢驗、監督抽查、回訪等后續監管措施具體措施，確保獲證食品合格率和放心度，一旦發現質量問題，企業只有一次機會整改，再次發現就會面臨“死刑”。
符合質量安全市場準入條件的食品將標有QS標志，QS是質量安全英文quality safety的縮寫。食品質量安全市場準入制度包括3項具體的制度。
一是對食品生產企業實施生產許可證制度，具備生產條件能夠生產保證食品質量安全的企業；《食品生產許可證》，準予生產，否則將不準生產食品。這從生產條件上保證了企業；能生產出符合質量安全的食品。
二是對企業；生產的食品實施強制檢驗制度，未經檢驗或檢驗不合格的食品不準出廠銷售，對于不具備自檢條件的生產企業強令實行委托檢驗。這有利于把住產品出廠質量關和保護消費者合法權益。
三是對實施生產許可證制度的產品實行市場準入標志制度，對檢驗合格的食品要加貼或加印QS標志，沒有這個標志的食品不準進入市場銷售。這樣有利于群眾和執法部門識別和監督。
五、細則解讀
2005年9月1日起施行的《食品生產加工企業質量安全監督管理實施細則（試行）》（以下簡稱《細則》），是國家質檢總局貫徹落實國務院關于實施食品藥品放心工程的具體舉措。《細則》國家實行食品質量安全市場準入制度。從事食品生產加工的企業，必須具備保證食品質量安全必備的生產條件（以下簡稱“必備條件”），按規定程序獲取工業產品生產許可證（以下簡稱食品生產許可證），所生產加工的食品必須經檢驗合格并加印（貼）食品質量安全市場準入標志后，方可出廠銷售。國家已實行生產許可證管理的食品，企業未取得食品生產許可證的，不得生產。未經檢驗合格、未加印（貼）食品質量安全市場準入標志的食品，不得出廠銷售。除法律、行政法規規定的限制條件外，任何單位不得另行附加條件，限制企業申請食品生產許可證。
《細則》規定，經必備條件審查和發證檢驗合格而符合發證條件的企業，按規定程序向當地省級質量技監部門領取食品生產許可證。經必備條件審查或者發證檢驗不合格而不符合發證條件的，質量技術監督部門應當向企業發出《食品生產許可證審查不合格通知書》并說明理由。自《食品生產許可證審查不合格通知書》發出之日起，企業原《食品生產許可證受理通知書》自行作廢。企業自接到《食品生產許可證審查不合格通知書》之日起，應當立即整改，兩個月后方可再次提出取證申請。
出口食品生產加工企業生產的食品在中華人民共和國境內銷售的，應當按照《細則》的規定，申請辦理食品生產許可證。已獲得出入境檢驗檢疫機構頒發的出口食品衛生注冊證、登記證的企業，或者已經通過HACCP體系認證、驗證的企業，在申請食品生產許可證時，免于企業必備條件審查。獲得國家質檢總局認定的食品認證企業，在申請食品生產許可證時，按照不重復的原則，簡化或者免予企業必備條件審查。
應注意的是，企業應當妥善保管食品生產許可證證書，因毀壞或者不可抗力等原因造成生產許可證證書遺失或者無法辨認的，應當及時在省級以上報紙上刊登聲明，同時報省級質量技術監督部門。省級質量技術監督部門應當及時受理企業補領食品生產許可證申請，按規定辦理補領證書手續，并報國家質檢總局備案。
對于食品安全法里未予規定的QS（質量安全）制度，即使企業將食品安全的第一責任轉嫁于政府，又增加了企業負擔。全國人大常委會委員任茂東在審議食品安全法執法檢查報告時表示，法律未規定QS制度，建議國務院取消該制度。
建議取消食品QS標識
任茂東認為，政府部門給食品帶著QS標識，向公眾承諾該食品是安全的，“一旦發生食品安全問題，本來是公民向企業討公道，變成了向政府討說法。”他以三鹿奶粉事件為例，“本來三鹿奶粉倒閉后，受害人已經沒有辦法找人了，現在找政府，有兩條：一個是當時的免檢；一個是QS標識。”
任茂東經過查詢，發現世界上196個國家和地區，只有中國實行了QS制度。“企業的牌子就是向消費者承諾，跟政府沒有關系。”
QS也增加了企業的成本。他算賬，如一個生產罐頭的小作坊，需要申辦多個QS證書，“申請一個QS證書400元，審查費用是2000元，這是明文規定的，還有灰色的費用，質檢部門同樣拿審查費，加起來至少2萬元。5至6個證書，12萬元。一個小企業一年才掙多少錢？”
新修訂的《食品安全法》于2015年10月1日起施行，作為新《食品安全法》的配套規章，國家食品藥品監督管理總局制定的《食品生產許可管理辦法》（以下簡稱《辦法》）也同步實施。
新《辦法》最主要的變化概括起來主要是“五取消”“四調整”“四加強”。“五取消”指，一是取消部分前置審批材料核查；二是取消許可檢驗機構指定；三是取消食品生產許可審查收費；四是取消委托加工備案；五是取消企業年檢和年度報告制度。
“四調整”指，一是調整食品生產許可主體，實行一企一證；二是調整許可證書有效期限，將食品生產許可證書由原來3年的有效期限延長至5年；三是調整現場核查內容；四是調整審批權限，除嬰幼兒配方乳粉、特殊醫學用途食品、保健食品等重點食品原則上由省級食品藥品監督管理部門組織生產許可審查外，其余食品的生產許可審批權限可以下放到市、縣級食品生產監管部門。
“四加強”指，一是加強許可檔案管理；二是加強證后監督檢查；三是加強審查員隊伍管理；四是加強信息化建設。
《辦法》實施后，食品“QS”標志將取消。按照新規，新獲證及換證食品生產者，應當在食品包裝或者標簽上標注新的食品生產許可證編號，不再標注“QS”標志。食品生產者存有的帶有“QS”標志的包裝和標簽，可以繼續使用至完為止。2018年10月1日起，食品生產者生產的食品不得再使用原包裝、標簽和“QS”標志。
SC取代QS.
六、認證程序
申請階段
15個工作日
從事食品生產加工的企業（含個體經營者），應按規定程序獲取生產許可證。新建和新轉產的食品企業，應當及時向食藥局部門申請食品生產許可證。省級、市（地）級質量技監部門在接到企業申請材料后，在15個工作日內組成審查組，完成對申請書和資料等文件的審查。企業材料符合要求后，發給《食品生產許可證受理通知書》。
20個工作日
企業申報材料不符合要求的，企業從接到質量技術監督部門的通知起，在20個工作日內補正，逾期未補正的，視為撤回申請。
審查階段
40個工作日
企業的書面材料合格后，按照食品生產許可證審查規則，在40個工作日內，企業要接受審查組對企業必備條件和出廠檢驗能力的現場審查。現場審查合格的企業，由審查組現場抽封樣品。
審查依據及內容；以國家質檢總局發布的食品生產許可審查細則為依據，對生產場所環境，工藝流程，設備布局，設備狀態，倉儲場所條件以及管理規程，人員配置等。
10個工作日⑴
審查組或申請取證企業應當在10個工作日內（有特殊規定的除外），將樣品送達指定的檢驗機構進行檢驗。發證檢驗；并按照具體的產品類別進行相應的項目檢驗，一般檢驗項目根據產品類別不同類別項目多少和檢驗費用均有不同。發證檢驗會側重食品的安全性指標，對各種添加劑尤其是影響食品安全的各種常見的非食品添加物均會檢驗。
10個工作日⑵
經必備條件審查和發證檢驗合格而符合發證條件的，地方質量技監部門在10個工作日內對審查報告進行審核，確認無誤后，將統一匯總材料在規定時間內報送當地食藥局生產科。
發證階段
15個工作日
經國家質檢總局審核批準后，省級質量技監部門在15個工作日內，向符合發證條件的生產企業發放食品生產許可證及其副本。
許可證相關時間
證書
食品生產許可證的有效期為3年。不同食品其生產許可證的有效期限在相應的規范文件中規定。
換證
在食品生產許可證有效期滿前6個月內，企業應向原受理食品生產許可證申請的質量技術監督部門提出換證申請。質量技術監督部門應當按規定的申請程序進行審查換證。
年審
對食品生產許可證實行年審制度。取得食品生產許可證的企業，應當在證書有效期內，每滿1年前的1個月內向所在地的市（地）級以上質量技術監督部門提出年審申請。年審工作由受理年審申請的質量技術監督部門組織實施。年審合格的，質量技術監督部門應在企業生產許可證的副本上簽署年審意見。
變更
食品生產加工企業在食品原材料、生產工藝、生產設備等生產條件發生重大變化，或者開發生產新種類食品的，應當在變化發生后的3個月內，向原受理食品生產許可證申請的質量技術監督部門提出食品生產許可證變更申請。受理變更申請時，質量技術監督部門應當審查企業是否仍然符合食品生產企業必備條件的要求。
企業名稱發生變化時，應當在變更名稱后3個月內向原受理食品生產許可證申請的質量技術監督部門提出食品生產許可證更名申請。
七、編碼新規
2018年10月1日起，食品生產者生產的食品不得再使用原包裝、標簽和“QS”標志。使用原包裝、標簽、標志的食品，在保質期內可以繼續銷售。陪伴人們多年的藍色QS標志將逐漸隱退，取而代之的是有“SC”標志的編碼。
“SC”是“生產”的漢語拼音字母縮寫，后跟14個阿拉伯數字，從左至右依次為：3位食品類別編碼、2位省（自治區、直轄市）代碼、2位市（地）代碼、2位縣（區）代碼、4位順序碼、1位校驗碼。
“SC”編碼代表著企業唯一許可編碼，即食品生產許可改革后將實行“一企一證”，包括即使同一家企業從事普通食品、保健食品和食品添加劑等3類產品生產，也僅發放一張生產許可證。這樣就能夠實現食品的追溯。
“食品、食品添加劑類別編碼由3位數字組成，第一位數字代表食品、食品添加劑生產許可識別碼，數字“1”代表食品，數字“2”代表食品添加劑。第二位和第三位數字代表食品、食品添加劑類別編號。”有關負責人介紹。
